Net Primer

”Jag önskar att jag hade analyserat mina primers innan jag beställde för tredje gången. Nu kontrollerar jag alla mina primers med NetPrimer innan jag beställer” -Stacey McCann, Cancer Biology Program, Stanford University

NetPrimer kombinerar de senaste primeranalysalgoritmerna med ett webbaserat gränssnitt som gör det möjligt för användaren att analysera primers via Internet. Alla primers analyseras för primers smälttemperatur med hjälp av den termodynamiska teorin för närmaste granne för att säkerställa en korrekt Tm-prediktion. Primerna analyseras med avseende på alla sekundärstrukturer, inklusive hårnålar, self-dimers och cross-dimers i primerpar. Detta säkerställer att primern är tillgänglig för reaktionen och minimerar bildandet av primerdimerer. Programmet underlättar kvantifiering av primers genom att beräkna primers molekylvikt och optisk aktivitet. För att underlätta valet av en optimal primer ges varje primer ett betyg baserat på stabiliteten hos dess sekundärstrukturer. En omfattande analysrapport kan skrivas ut för enskilda primers eller primerpar.

Högsta funktioner

• Primer Melting Temperature (Tm): Förutsäger primerens smälttemperatur med hjälp av den exakta termodynamiska algoritmen för närmaste granne.
• Primeregenskaper: Förutsäger primerens smälttemperatur med hjälp av den exakta termodynamiska algoritmen för närmaste granne: Tm , molekylvikt, GC%, optisk aktivitet (båda i nmol/A260 & µg/A260), DG, stabilitet i 3′-ändan, DH, DS och DG i 5′-ändan.
• Sekundärstrukturer för primers: Hårnålar, dimerer, korsdimerer, palindromer, upprepningar och löpningar.
• Primerbetyg: Kvantitativ förutsägelse av effektiviteten hos en primer.
• Sammanfattande rapport: Skriver ut en fullständig primeranalys för en enskild primer eller ett primerpar.
• Primerpar: Analysera enskilda primers eller primerpar.
• Omfattande hjälp: Detaljerade uppgifter om alla formler och referenser som används i algoritmen för primeranalys.

• Kundvittnesmål
• Citeringar & Recensioner

.