Den puertoricanska regeringen är uppbyggd på samma sätt som i USA, med verkställande, lagstiftande och dömande grenar. Ön har en guvernör och en resident kommissionär som har en plats utan rösträtt i USA:s representanthus. Guvernören, senaten med 28 platser och representanthuset med 54 platser väljs av folket för fyraåriga mandatperioder. Ledamöter i Högsta domstolen och lägre domstolar utses av guvernören med senatens samtycke.

De fyra stora politiska partierna skiljer sig främst åt i sina åsikter om huruvida Puerto Rico bör ändra sitt förhållande till Förenta staterna. Det statsvänliga New Progressive Party betonar att ön redan är ekonomiskt beroende av USA och anser att om ön blir en stat skulle den få representation i Washington. Popular Democratic Party betonar de ekonomiska incitament som ön åtnjuter genom sin status som samvälde, inklusive federal skattebefrielse och incitament för utländska investeringar. De två andra stora partierna, Puerto Rican Independence Party och Puerto Rican Socialist Party, förespråkar självständighet för östaten. De sistnämnda partierna är mycket mindre och mindre betydelsefulla.

Den puertoricanska regeringen är starkt involverad i sin ekonomi. Fomento, öns ekonomiska utvecklingsbolag, stimulerar och styr den ekonomiska tillväxten. Sedan 1950-talet har regeringens engagemang i ekonomiska frågor omfattat Operation Bootstrap, en plan för att blanda lokal arbetskraft och utländska investeringar genom att stimulera industrialisering baserad på export, Fomentos insatser för att främja petrokemiska och avancerade teknikindustrier på 1960-talet och höga statliga utgifter för sociala välfärdsprogram. År 1994 inrättade regeringen Foreign Trade Board för att stimulera utländska investeringar och uppmuntra export. Nämnden sysslade främst med att ge stöd till småföretag som hade potential att exportera varor till utländska marknader. Puerto Ricos var den första ekonomin i världen som industrialiserades kring ett program som helt och hållet förlitade sig på export, och Puerto Rico fortsätter att fokusera sina ansträngningar på en ekonomi för export, vilket stärker dess image som en idealisk plats för turism och företagande.

Eftersom det inte finns någon officiell representation i den amerikanska regeringen betalar puertoricanska medborgare på ön inte federal skatt, även om de åtnjuter amerikanskt medborgarskap. Tullskatter och punktskatter på import och export går till den federala statskassan. Ön har också välfärdsprogram som liknar dem i USA. I dag spelar USA:s regering mer än någonsin en stor roll i Puerto Ricos ekonomi genom skatteincitament och skattebefrielser, tullfritt tillträde samt löne- och infrastrukturincitament som uppmuntrar stora amerikanska företag och bolag att investera i öns ekonomi. Som ett amerikanskt samvälde kontrollerar Puerto Rico endast sina interna angelägenheter; den amerikanska federala regeringen kontrollerar alla mellanstatliga och internationella handelsförbindelser. Ön har ingen egen militär, så till skillnad från situationen i större delen av Latinamerika utövar militären ingen kontroll över ekonomin. Den

öns skattesystem är oberoende av det amerikanska skattesystemet, och det är den amerikanska lagstiftaren som bestämmer hur skatteintäkterna ska användas.