Inbördeskriget gjorde slut på plantageekonomin och Sapelo blev hem för ett stort afroamerikanskt samhälle under återuppbyggnads- och postbellumperioden. William Hillery Company, ett partnerskap av frigivna män, köpte mark vid Raccoon Bluff redan 1871. Med tiden köpte många av de före detta slavarna mark på Sapelo och etablerade permanenta bosättningar, bland annat Hog Hammock, Raccoon Bluff, Shell Hammock, Belle Marsh och Lumber Landing. Den första afrikanska baptistkyrkan organiserades 1866 i Hanging Bull och flyttade så småningom till Raccoon Bluff, där det också fanns en svart skola. De svarta på Sapelo ägnade sig åt självhushållningsjordbruk, skogsbruk och ostronskörd i Duplinflodens flodmynning. Det mesta av Sapelo såldes av Spaldings ättlingar efter inbördeskriget.

1912 slog Detroitbilingenjören Howard E. Coffin (1873-1937) samman de olika innehaven på Sapelo och köpte hela ön, med undantag för de svarta samhällena, för 150 000 dollar. Coffin ägde Sapelo i tjugotvå år. Han byggde om herrgården i södra änden till ett av de mest palatsliknande hemmen på kusten 1922-25. Detta var en tabby-stuckatur som ursprungligen byggdes av Spalding 1810. Coffin ägnade sig åt storskaligt jordbruk, sågverk och skaldjursskörd. Han byggde också vägar, borrade artesiska brunnar och lade till andra förbättringar på ön. Många framstående besökare var gäster hos Coffins på Sapelo, däribland två presidenter, Calvin Coolidge (1928) och Herbert Hoover (1932), och flygaren Charles A. Lindbergh (1929). Under denna period etablerade Coffin och hans unga kusin, Alfred W. Jones, semesteranläggningen Cloister på närliggande Sea Island.

1934 sålde Coffin, på grund av ekonomiska bakslag till följd av depressionen, Sapelo till tobaksarvingen Richard J. Reynolds, Jr. (1906-1964). Reynolds använde ön som en deltidsbostad i trettio år. Reynolds viktigaste bidrag var att han grundade Sapelo Island Research Foundation och tillhandahöll lokaler och annat stöd till University of Georgia Marine Institute, som startade 1953. Reynolds änka, Annemarie Schmidt Reynolds, sålde Sapelo till delstaten Georgia i två separata transaktioner 1969 och 1976. Den senare försäljningen resulterade i skapandet av Sapelo Island National Estuarine Research Reserve, ett statligt-federalt partnerskap mellan Georgias naturresursdepartement och National Oceanic and Atmospheric Administration.