Nilfloden anses vara Egyptens livlina. Utan Nilen skulle en stor del av Egypten vara obeboeligt. Floden är hemvist för många arter av vattenlevande djur och stöder även hundratals andra landlevande arter som lever längs dess stränder. Många av de djur som lever i och runt Nilen är fruktade och vördade av lokalbefolkningen. De gamla egyptierna dyrkade till och med vissa av dem. Några av de mest uppmärksammade djuren i Nilen nämns nedan.
Nilkrokodil
Crocodylus niloticus eller Nilkrokodilen är en av de mest fruktade och vördade invånarna i Nilen. Den är den näst största bevarade reptilen i världen efter saltvattenkrokodilen. Denna art finns i stora delar av Afrika söder om Sahara och lever i sjöar, floder och till och med i myrmarker. Ibland har Nilkrokodilen upptäckts i saltvattenmiljöer som bräckta sjöar och deltan, men i allmänhet är den en sötvattenart. En hane av en nilkrokodil är mellan 3,5 och 5 meter lång, medan honorna är cirka 30 % mindre än hanarna. Nilkrokodiler är fruktade för sin aggressiva natur. De är toppredatorer i sitt ekosystem och livnär sig på en mängd olika bytesdjur, däribland däggdjur, fåglar, fiskar, reptiler osv. De ligger i bakhåll och attackerar sina byten. De rör sig med hög hastighet i vattnet. De har också ett mycket kraftfullt bett. Nilkrokodiler är ganska sociala till sin natur och är kända för att dela mat och solplatser med andra av sin art. De har sin egen ordning där större och äldre hanar intar toppen av hierarkin. Nilkrokodilen är också känd för att angripa människor och är ansvarig för många dödsfall bland människor i Nilens flodsystem.
Hippopotamus
Hippopotamus amphibius badar i Nilens vatten och är en ganska vanlig syn. Det är ett växtätande, halvt vattenlevande djur och det tredje största landdäggdjuret på jorden. Flodhästar har en barbottformad överkropp. Deras vidöppna munnar som avslöjar gigantiska hörntänder är typiska för deras fysiska utseende. Flodhästar kan ses under dagtid i Nilens vatten. De både förökar sig och föder barn i vatten. De närmar sig land för att beta efter solnedgången. Flodhästar hålls ansvariga för många dödsfall bland människor längs Nilen. Deras beteende beskrivs som oförutsägbart och aggressivt. Arten är dock klassificerad som sårbar av IUCN eftersom den jagas av människor för kött och elfenben.
Nilabborre
Lates niloticus är en sötvattenfisk som finns i stora delar av den afrotropa ekozonen, inklusive Nilens flodsystem. Fisken är av stor betydelse för många östafrikanska länder och är en källa till livsmedelsförsörjning i regionen. Fisken har en silverfärg med en blå nyans. Dess mörksvarta ögon är omgivna av gula ringar. Nilabborren kan bli upp till 2 meter lång och väga upp till 200 kg. Den livnär sig på insekter, zooplankton, mindre fiskar och kräftdjur.
Nilmjuksköldpadda
Också kallad afrikansk mjukskalig sköldpadda, har denna sköldpadda gropiga, platta pansarben som är täckta med hud som är tjock och läderartad. Hudens färg varierar från olivfärgad till brun med vita fläckar som med enstaka gula ringar. Sköldpaddan har tre svävade klor på varje lem. Den mjukskaliga Nilsköldpaddan finns i hela Nilflodens system samt i Kongofloden och Sombreirofloden och i vissa andra delar av Afrika. Dessa sköldpaddor har en allätande kost och äter kräftdjur, amfibier, fisk, små däggdjur och kadaver samt frukter, frön och nötter. Dessa sköldpaddor står inför flera hot från människan. Människor jagar dem för att få kött eller samlar in deras ägg för konsumtion.
Nilflodens ormar
Flera arter av ormar, både giftiga och icke giftiga, lever i Nilens avrinningsområde. Några av de dödligaste ormarna som lever längs floden är egyptisk bandkobra, röd spottkobra, svart mamba och flera arter av huggormar. Vattenormar som nästan uteslutande lever i Nilens vatten finns också i floden. Dessa ormar livnär sig på fisk, ryggradslösa djur och amfibier i vattnet.
Afrikansk tigerfisk
Hydrocynus vittatus är en sötvattenfisk som finns i stora delar av Afrika, inklusive Nilen. Den har en silverfärgad färg med smala svarta remsor som löper horisontellt på huden. Den har vassa och koniska tänder som gör att den kan skära i bytet efter att ha tagit ett hårt grepp om det. Den afrikanska tigerfisken är oerhört viktig för den lokala ekonomin i Nilbäckenet. Den är inte bara en viktig proteinkälla utan lockar också turister som njuter av rekreations- och sportfiske på floden.
Nilvaran
Varanus niloticus tillhör familjen Varanidae och finns i hela Afrika. Denna stora varan lever även i Nilen. Den kan bli cirka 120 till 220 cm lång och har starka käkar, ben och muskulösa kroppar. Nilvaraner livnär sig på en mängd olika djur som fisk, krokodilägg, grodor, ormar, fåglar, små däggdjur och till och med asätare.