Az alopecia areata okai összetettek és nem jól ismertek. Valószínűleg tényezők kombinációja áll a betegség hátterében, beleértve számos, a hajban és a bőrben, valamint az immunrendszerben működő gén változását.

Az areata alopecia az autoimmun betegségek közé sorolt immunrendszeri betegségek nagy csoportjába tartozik. Normális esetben az immunrendszer úgy védi a szervezetet az idegen betolakodóktól, például a baktériumoktól és vírusoktól, hogy felismeri és megtámadja ezeket a betolakodókat, és kiüríti őket a szervezetből. Az autoimmun betegségekben az immunrendszer hibásan működik, és ehelyett a szervezet saját szöveteit támadja meg. Tisztázatlan okokból az alopecia areata esetében az immunrendszer a szőrtüszőket veszi célba, leállítva a haj növekedését. Az állapot azonban nem károsítja tartósan a tüszőket, ezért a haj később visszanőhet.

Az alopecia areatával összefüggésbe hozott gének közül sokan részt vesznek a szervezet immunválaszában. Ezek közé tartozik több olyan gén, amely a humán leukocita antigén (HLA) komplexnek nevezett géncsaládhoz tartozik. A HLA-komplex segít az immunrendszernek megkülönböztetni a szervezet saját fehérjéit az idegen betolakodók által előállított fehérjéktől. Minden HLA-génnek számos különböző változata van, ami lehetővé teszi, hogy az egyes személyek immunrendszere az idegen fehérjék széles skálájára reagáljon. A HLA-gének bizonyos variációi valószínűleg hozzájárulnak a szőrtüszőket célzó nem megfelelő immunválaszhoz, amely az areata alopeciához vezet. A HLA komplexen kívüli immunrendszeri géneket, például számos, a gyulladásban szerepet játszó gént is összefüggésbe hoztak az alopecia areatával.

Az alopecia areatával összefüggésbe hozott genetikai variációk egy részét más autoimmun betegségekben szenvedő embereknél is azonosították, ami arra utal, hogy a betegségek ezen csoportja közös genetikai kockázati tényezőkkel rendelkezhet. Az areata alopeciában szenvedő embereknél fokozott a kockázata más autoimmun betegségek kialakulásának, köztük a vitiligo, a szisztémás lupus erythematosus, az atópiás dermatitis, az allergiás asztma és az autoimmun pajzsmirigybetegségek (mint például a Hashimoto thyreoiditis és a Basedow-kór). Hasonlóképpen, az említett autoimmun betegségekben szenvedő embereknél megnő az alopecia areata kialakulásának kockázata.

Az alopecia areatában szenvedő embereknél sok esetben nem ismert, hogy mi váltja ki a hajhullást. Lehetséges, hogy környezeti tényezők, például érzelmi stressz, fizikai sérülés vagy betegség kóros immunválaszt váltanak ki a veszélyeztetett emberekben. A legtöbb érintettnél azonban a hajhullás kialakulására nincs egyértelmű magyarázat.