A Brave Frontier játékmenete hasonlít a Square Enix Valkyrie Profile-jára. A történet középpontjában a meg nem nevezett idéző áll, és a játékosoknak minden egyes szakaszt teljesíteniük kell, hogy hozzáférjenek egy új területhez. A játékosok minden szakaszban legfeljebb 5 egységet hozhatnak magukkal egy “barát” egységgel a küldetés módban. A játékosok a barátkérésen keresztül barátkoznak. Az egységek támadása a csatában a játékosokat Brave Burst kristályokkal, és Heart kristályokkal jutalmazza. Miután egy ellenséget legyőztek, a játékos a következő szakaszon halad tovább, egészen a főnökig, ami szükséges a szint befejezéséhez. A teljesítés után a játékosok jutalma Zel, Karma és tárgyak, valamint az egyes küldetésekből származó egységek megszerzése. Ha a játékosok teljesítik az egész területet, egy drágakővel jutalmazzák őket. Ha azonban a játékosok elbuknak egy küldetést, akkor egy drágakővel folytatják. Az egységek képesek speciális támadásokat, úgynevezett Brave Burst-eket végrehajtani. Aktiváláskor az egység erőteljes támadást alkalmaz. A Brave Bursts az életpontok növelését vagy az általános statisztikák növelését is biztosíthatja, hogy előnyre tegyen szert az ellenséggel szemben. A Super Brave Burst-ek is végrehajthatók, de csak akkor, ha az egység 6 Star ranggal rendelkezik, és a Brave Burst-mérője maximálisan ki van töltve. Egy másik, Ultimate Brave Bursts nevű változatot a 7-Star és Omni Evolution egységek használhatnak, miután feltöltötték az Overdrive gauge-t. Az Omni Evolution egységek képesek testre szabni a képességeiket, valamint a Brave Burst, Super Brave Burst és Ultimate Brave Burst által adott hatások kiegészítését a más egységek és az Omni Evolution egységek egyesítéséből származó Enhancements segítségével. Az Omni Evolution egységek rezonanciákat is végezhetnek, amihez két azonos elemű Omni Evolution egységnek kell szikrát szórnia egymással.
A küldetések mellett a játékos az egyes küldetések során kapott egységekkel is egyesíthet egységeket, hogy szintet lépjen velük. Ha egy egység már a maximális szintjén van, akkor már képes fejlődni. A fejleszthető egységek fejlődésének feltételei eltérőek. Minden egységnek saját rangsora is van, az Omni Evolution a legmagasabb. A játékosok több egységet szerezhetnek a Honor Summons és a Rare Summons révén, ezekhez a játékosoknak drágaköveket és Honor pontokat kell felhasználniuk az egységek megidézéséhez. A játékosok eladhatják az egységeket zelért, vagy felszerelhetik őket Gömbökkel és drágakövekkel mikro tranzakciókon keresztül. A tárgyak szintetizálhatók hasznos tárgyakká is, például bájitalokká, tonikokká és újjáélesztőkké. A gömbök is ugyanígy készülnek, hogy növeljék az egység általános statisztikáit. A város rengeteg, ezekhez használt tárgyat biztosít, néhány tárgyat a játékos által megtisztított dungeonokon keresztül kell megszerezni. Egy másik dolog az, hogy a város több fontos tárgyat tud biztosítani, ha a játékos minden létesítményt karma segítségével fejleszt.
A Brave Frontierben a Vortex Gate-en belül elérhetőek az esemény-küldetések, amelyek lehetővé teszik a játékosok számára, hogy evolúciós egységeket, Zel vagy promóciós ritka egységeket szerezzenek, amelyek nem találhatók a Rare Summonsban. Bizonyos dungeonok, mint például a Metal Parades, Jewel Parades és Imp Parades, kulcsokat igényelnek a korlátozott ideig történő feloldáshoz. A játékon belüli események a Vortex Gate-ben vannak, és a játékosok ingyenes egységgel kapnak jutalmat, ha teljesítik őket. A játékosok kihívhatják egymást az arénában, és díjakat nyerhetnek egy bizonyos rang eléréséért. A játékban megtalálhatóak még a Frontier Hunter próbák, amelyek lehetővé teszik a játékosok számára, hogy növeljék a Hunter rangjukat, a Raid Battles, a Slot Machine Feature, a Mini játékok, a Daily Missions és a Grand Quest.