A Nílus folyót Egyiptom életvonalának tekintik. A Nílus nélkül Egyiptom nagy része élhetetlen lenne. A folyó számos vízi állatfajnak ad otthont, és több száz más szárazföldi állatfajnak is otthont ad, amelyek a partjai mentén élnek. A Nílusban és környékén élő állatok közül sokakat félnek és tisztelnek a helyi lakosok. Az ókori egyiptomiak némelyiket még imádták is. Az alábbiakban a Nílus folyó néhány legismertebb állatfaját említjük meg.
Níluskrokodil
A Crocodylus niloticus vagy nílusi krokodil a Nílus folyó egyik legféltettebb és legtiszteltebb lakója. A sósvízi krokodil után a világ második legnagyobb élő hüllője. Ez a faj a Szaharától délre fekvő Afrika nagy részén megtalálható, és tavakban, folyókban, sőt mocsarakban is él. Alkalmanként a nílusi krokodilt sós vizű környezetben, például brakkos tavakban és deltákban is kimutatták, de általában édesvízi faj. A hím nílusi krokodil hossza 3,5 és 5 méter között mozog, míg a nőstények körülbelül 30%-kal kisebbek a hímeknél. A nílusi krokodilok agresszív természetük miatt rettegnek. Ökoszisztémájuk csúcsragadozói, és számos zsákmánnyal táplálkoznak, többek között emlősökkel, madarakkal, halakkal, hüllőkkel stb. Csapdába csalnak és megtámadják zsákmányukat. Nagy sebességgel mozognak a vízben. Nagyon erős harapásuk is van. A nílusi krokodilok meglehetősen szociális természetűek, és közismerten megosztják az élelmet és a sütkérező helyeket fajtársaikkal. Saját rendjük van, ahol a hierarchia csúcsán a nagyobb és idősebb hímek állnak. A nílusi krokodilok arról is ismertek, hogy megtámadják az embereket, és sok ember haláláért felelősek a Nílus folyórendszerében.
Hippopotamus
A Nílus vizében fürdőző Hippopotamus amphibius elég gyakori látvány. Növényevő, félvízi állat, és a Föld harmadik legnagyobb szárazföldi emlőse. A vízilovaknak hordó alakú törzse van. Fizikai megjelenésükre jellemző a szélesre tátott szájuk, amelyből hatalmas agyarakat látunk. A vízilovakat napközben a Nílus vizében lehet látni. A vízilovak a vízben szaporodnak és szülnek is. Napnyugta után közelítik meg a szárazföldet, hogy legeljenek. A vízilovak sok emberi halálesetért felelősek a Nílus mentén. Viselkedésük kiszámíthatatlan és agresszív. A faj azonban az IUCN szerint veszélyeztetett, mivel az emberek húsért és elefántcsontért vadásznak rá.
Nílus sügér
A Lates niloticus egy édesvízi hal, amely az afrotróp ökozóna nagy részében megtalálható, beleértve a Nílus folyórendszerét is. A hal nagy jelentőséggel bír számos kelet-afrikai nemzet számára, és a régió élelmezésbiztonságának egyik forrása. A hal színe ezüstös, kék árnyalattal. Sötétfekete szemeit sárga gyűrűk veszik körül. A nílusi sügér akár 2 méter hosszúra is megnőhet, súlya pedig elérheti a 200 kg-ot. Rovarokkal, zooplanktonnal, kisebb halakkal és rákfélékkel táplálkozik.
Nílusi lágyhéjú teknős
Az afrikai lágyhéjú teknősnek is nevezett teknősnek lyukacsos, lapos páncélcsontjai vastag és bőrszerű bőrrel borítottak. A bőr színe az olajzöldtől a barnáig változik, fehér foltokkal, amelyeken időnként sárga gyűrűk vannak. A teknős mindegyik végtagján három úszóhártyás karom van. A nílusi lágyhéjú teknős az egész Nílus folyórendszerben, valamint a Kongó és a Sombreiro folyókban és Afrika néhány más részén is megtalálható. Ezek a teknősök mindenevő táplálkozásúak, rákfélékkel, kétéltűekkel, halakkal, kisemlősökkel és tetemekkel, valamint gyümölcsökkel, magvakkal és diófélékkel táplálkoznak. Ezeket a teknősöket számos veszély fenyegeti az ember részéről. Az emberek húsukért vadásznak rájuk, vagy tojásukat gyűjtik be fogyasztásra.
Nílus folyó kígyói
A Nílus medencéjében számos kígyófaj él, mérges és nem mérgesek egyaránt. A folyó mentén élő leghalálosabb kígyók közé tartozik az egyiptomi sávos kobra, a vörös köpködő kobra, a fekete mamba és több viperafaj. A folyóban megtalálhatók a szinte kizárólag a Nílus vizében élő vízi kígyók is. Ezek a kígyók a vízben élő halakkal, gerinctelenekkel és kétéltűekkel táplálkoznak.
Afrikai tigrishal
A Hydrocynus vittatus egy édesvízi hal, amely Afrika nagy részén, így a Nílusban is megtalálható. Ezüstös színű, bőrén vízszintesen futó keskeny fekete csíkokkal. Éles és kúpos fogai vannak, amelyek lehetővé teszik számára, hogy a zsákmányba vágjon, miután szorosan megragadta azt. Az afrikai tigrishal rendkívül fontos a helyi gazdaság számára a Nílus medencéjében. Nemcsak fontos fehérjeforrás, hanem vonzza a turistákat is, akik élvezik a rekreációs és sporthorgászatot a folyón.
Nílusmonitor
A Varanus niloticus a Varanidae családba tartozik és Afrika-szerte megtalálható. Ez a nagytestű monitor a Nílusban is él. Körülbelül 120-220 cm hosszúra nőhet meg, erős állkapcsokkal, lábakkal és izmos testtel rendelkezik. A nílusi monitorok különféle állatokkal táplálkoznak, például halakkal, krokodilok tojásaival, békákkal, kígyókkal, madarakkal, kisemlősökkel és még hullákkal is.