A Puerto Ricó-i kormányzat felépítése hasonló az Egyesült Államokéhoz: végrehajtó, törvényhozó és bírói hatalom. A szigetnek kormányzója és rezidens biztosa van, aki nem szavazati joggal rendelkezik az amerikai képviselőházban. A kormányzót, a 28 tagú szenátust és az 54 tagú képviselőházat 4 évre választják meg. A Legfelsőbb Bíróság és az alsóbb szintű bíróságok tagjait a kormányzó nevezi ki a szenátus egyetértésével.

A 4 nagy politikai párt elsősorban abban különbözik, hogy miként vélekednek arról, hogy Puerto Ricónak meg kell-e változtatnia az Egyesült Államokkal való kapcsolatát. Az államiságpárti Új Progresszív Párt azt hangsúlyozza, hogy a sziget gazdaságilag már most is függ az Egyesült Államoktól, és úgy véli, hogy a sziget állammá válása révén képviseletet kapna Washingtonban. A Népi Demokrata Párt azokat a gazdasági ösztönzőket hangsúlyozza, amelyeket a sziget a nemzetközösségi státusza révén élvez, beleértve a szövetségi adómentességet és a külföldi befektetések ösztönzését. A másik két nagy párt, a Puerto Ricó-i Függetlenségi Párt és a Puerto Ricó-i Szocialista Párt a szigetállam függetlenségét támogatja. Ez utóbbi pártok sokkal kisebbek és kevésbé jelentősek.

A Puerto Ricó-i kormány nagymértékben részt vesz a Puerto Ricó-i gazdaságban. A Fomento, a sziget gazdaságfejlesztési társasága ösztönzi és irányítja a gazdasági növekedést. Az 1950-es évek óta a kormányzat gazdasági ügyekben való részvétele magában foglalta a Bootstrap hadműveletet, a helyi munkaerő és a külföldi befektetések vegyítését célzó tervet az exporton alapuló iparosítás fellendítésével; a Fomento erőfeszítéseit a petrolkémiai és fejlett technológiai iparágak előmozdítására az 1960-as években; valamint a szociális jóléti programokra fordított magas kormányzati kiadásokat. 1994-ben a kormány létrehozta a Külkereskedelmi Tanácsot a külföldi befektetések ösztönzésére és az export ösztönzésére. A testület elsősorban olyan kisvállalkozások támogatásával foglalkozott, amelyek képesek voltak árukat exportálni a külföldi piacokra. Puerto Rico gazdasága volt az első a világon, amely egy olyan program köré szerveződött, amely teljes mértékben az exportra támaszkodott, és Puerto Rico továbbra is az exportra épülő gazdaságra összpontosítja erőfeszítéseit, ezzel is erősítve a turizmus és az üzleti élet ideális helyszínének képét.

Mivel nincs hivatalos képviselet az Egyesült Államok kormányában, a szigeten élő Puerto Ricó-iak nem fizetnek szövetségi adót, bár amerikai állampolgárságot élveznek. A behozatalt és kivitelt terhelő vámok és jövedéki adók a szövetségi államkincstárba folynak be. A szigeten az Egyesült Államokéhoz hasonló jóléti programok is működnek. Az amerikai kormány ma nagyobb szerepet játszik Puerto Rico gazdaságában, mint valaha, adókedvezmények és mentességek, vámmentesség, valamint bér- és infrastrukturális ösztönzők révén, amelyek arra ösztönzik a nagy amerikai cégeket és vállalatokat, hogy beruházzanak a sziget gazdaságába. Az Egyesült Államok szövetségi államaként Puerto Rico csak a belügyeit ellenőrzi; az Egyesült Államok szövetségi kormánya ellenőrzi az államközi és nemzetközi kereskedelmi kapcsolatokat. A szigetnek nincs saját hadserege, így – ellentétben Latin-Amerika nagy részének helyzetével – a hadsereg nem gyakorol ellenőrzést a gazdaság felett. A

szigetország adórendszere független az amerikai adórendszertől, az amerikai törvényhozás dönt az adóbevételek felhasználásáról.