A padlón belüli tisztítórendszert a medence építése vagy gyártása előtt tervezik, a medence belsejétől függően. In egy sor fejből áll, amelyek a medence padlójába és lépcsőfokaiba ugranak be.
Céljuk, hogy a szennyeződéseket és a törmeléket egy padlóba épített lefolyó pont felé tereljék, amely általában a medence mélyén található. Miután a szennyeződést a szivattyú eltávolította a leeresztőpontról, az általában a szűrőrendszerbe kerül, ahol megreked.
A leveles medencékben van egy további elsődleges szűrőpont, amely a szűrőrendszer előtt felfogja a nehéz levélanyagot, ami felszabadítja a szkimmerdobozt, és lehetővé teszi a levelek lefölözését a medence felszínéről. Minden rendszert egyedileg kell megtervezni, mivel minden medence általában más alakú és méretű. Ez a rendszer segíti a vegyszerelosztást és a hőkeringést is az egész medencében. Egyes rendszerek kizárólag a szűrőszivattyúra támaszkodnak a működtetésükhöz, míg másoknál külön szivattyú szükséges a tisztítórendszer működtetéséhez.