Referencia genom

A humán és egér referencia genomokat a Genome Reference Consortium (GRC), egy kevesebb mint 20 tudósból álló csoport tartja fenn és fejleszti, amely számos genomkutató intézetből, többek között az Európai Bioinformatikai Intézetből, a Nemzeti Biotechnológiai Információs Központból, a Sanger Intézetből és a St. Louis-i Washington Egyetem McDonnell Genom Intézetéből áll. A GRC folytatja a referencia genomok javítását azáltal, hogy új, kevesebb hézagot tartalmazó illesztéseket készít, és kijavítja a szekvenciában lévő hibás ábrázolásokat.

Emberi referencia genomSzerkesztés

A Genome Reference Consortium 2013. december 17-én adta ki a GRCh38 emberi referencia genomot. Ez a build körülbelül 250 hiányosságot tartalmazott, míg az első verzió nagyjából 150 000 hiányosságot tartalmazott. A GRCh38 assemblyben több mint 100 hézagot zártak be vagy csökkentettek. A Nanopore szekvenálással 12 hézagot sikerült bezárni a GRCh38 referencia-összeállításban az ultrahosszú leolvasások alkalmazásával.

A humán referencia-genom tizenhárom névtelen önkéntesből származik a New York állambeli Buffalóból. Az adományozókat a The Buffalo News-ban 1997. március 23-án, vasárnap megjelent hirdetéssel toborozták. Az első tíz férfi és tíz női önkéntest meghívták, hogy egyeztessenek időpontot a projekt genetikai tanácsadóival, és adjanak vért, amelyből DNS-t vettek ki. A DNS-minták feldolgozásának módjából adódóan a referencia genom mintegy 80 százaléka nyolc embertől származik, és egy férfi, akit RP11-nek neveztek el, a teljes genom 66 százalékát adja. Az ABO vércsoportrendszer különbözik az emberek között, de az emberi referenciagenom csak egy O allélt tartalmaz, bár a többit annotálták).

A humán referenciagenomnak vannak korlátai annak a ténynek köszönhetően, hogy “egyetlen” különálló szekvenciáról van szó. Emiatt nevezik kifejezetten “referenciának”. A fő célja, hogy a genetikai jellemzők indexeként vagy lokátoraként szolgáljon. Az 1000 Genom projekt egy olyan adatbázist hoz létre, amely az emberi populáció genomjainak eltéréseiről nyújt információt.

A legújabb genom-összeállítások a következők:

.

Kibocsátás neve Kibocsátás dátuma Egyenértékű UCSC verzió
GRCh38 Dec 2013 hg38
GRCh37 Feb 2009 hg19
NCBI Build 36.1 Március 2006 hg18
NCBI Build 35 Május 2004 hg17
NCBI Build 34 Július 2003 hg16

.

Vélemény, hozzászólás?

Az e-mail-címet nem tesszük közzé.