A polgárháború véget vetett az ültetvényes gazdaságnak, és Sapelo egy nagy afroamerikai közösség otthona lett a rekonstrukciós és a polgárháború utáni időszakban. A William Hillery Company, egy felszabadított emberekből álló társulás már 1871-ben földet vásárolt Raccoon Bluffban. Idővel az egykori rabszolgák közül sokan vásároltak földet Sapelón, és állandó településeket hoztak létre, köztük Hog Hammockot, Raccoon Bluffot, Shell Hammockot, Belle Marshot és Lumber Landinget. Az első afrikai baptista egyházat 1866-ban szervezték meg Hanging Bullban, majd végül Raccoon Bluffba költöztek, ahol egy fekete iskola is működött. Sapelo feketéi a Duplin folyó torkolatvidékén önellátó mezőgazdasággal, fakitermeléssel és osztrigaszedéssel foglalkoztak. Sapelo nagy részét a polgárháború után Spalding leszármazottai eladták.

1912-ben Howard E. Coffin (1873-1937) detroiti autóipari mérnök egyesítette a különböző birtokokat Sapelón, és 150 000 dollárért megvásárolta az egész szigetet, a fekete közösségek kivételével. Coffin huszonkét évig volt Sapelo tulajdonosa. A déli végi kúriát 1922-25 között a partvidék egyik legpalotásabb otthonává építette át, amely egy eredetileg Spalding által 1810-ben épített cirmos-stukkós épület volt. Coffin nagyüzemi mezőgazdasággal, fűrészüzemmel és tenger gyümölcseinek betakarításával foglalkozott. Emellett utakat épített, artézi kutakat fúrt és más fejlesztéseket is végrehajtott a szigeten. Számos előkelő látogató volt Coffinék vendége Sapelón, köztük két elnök, Calvin Coolidge (1928) és Herbert Hoover (1932), valamint Charles A. Lindbergh pilóta (1929). Ebben az időszakban Coffin és fiatal unokatestvére, Alfred W. Jones létrehozta a közeli Sea Islanden a Cloister üdülőhelyet.

1934-ben a gazdasági válság okozta pénzügyi visszaesés miatt Coffin eladta Sapelót az észak-karolinai dohányörökösnek, Richard J. Reynolds, Jr. (1906-1964). Reynolds harminc éven át használta a szigetet részmunkaidős rezidenciaként. Reynolds legfontosabb hozzájárulása az volt, hogy létrehozta a Sapelo Island Research Foundationt, és biztosította a létesítményeket és egyéb támogatást az 1953-ban megkezdett University of Georgia Marine Institute számára. Reynolds özvegye, Annemarie Schmidt Reynolds 1969-ben és 1976-ban két különálló tranzakcióban eladta Sapelót Georgia államnak, az utóbbi eladás eredményeként jött létre a Sapelo Island National Estuarine Research Reserve, amely egy állami-szövetségi partnerség Georgia természeti erőforrások minisztériuma és a National Oceanic and Atmospheric Administration (Nemzeti Óceán- és Légkörkutatási Hivatal) között.