De oorzaken van alopecia areata zijn complex en worden niet goed begrepen. Een combinatie van factoren ligt waarschijnlijk ten grondslag aan de aandoening, waaronder veranderingen in veel genen die functioneren in het haar en de huid en in het immuunsysteem.

Alopecia areata behoort tot een grote groep van ziekten van het immuunsysteem die worden geclassificeerd als auto-immuunziekten. Normaal gesproken beschermt het immuunsysteem het lichaam tegen vreemde indringers, zoals bacteriën en virussen, door deze indringers te herkennen en aan te vallen en ze uit het lichaam te verwijderen. Bij auto-immuunziekten functioneert het immuunsysteem niet goed en valt het in plaats daarvan het eigen weefsel aan. Om onduidelijke redenen richt het immuunsysteem zich bij alopecia areata tegen de haarfollikels, waardoor de haargroei stopt. De aandoening beschadigt de follikels echter niet blijvend, waardoor er later weer haar kan groeien.

Veel van de genen die in verband zijn gebracht met alopecia areata zijn betrokken bij de immuunrespons van het lichaam. Daartoe behoren verschillende genen die behoren tot een genenfamilie die het menselijk leukocytenantigeen (HLA)-complex wordt genoemd. Het HLA-complex helpt het immuunsysteem onderscheid te maken tussen lichaamseigen eiwitten en eiwitten van vreemde indringers. Elk HLA-gen heeft veel verschillende variaties, waardoor het immuunsysteem van elke persoon kan reageren op een breed scala aan vreemde eiwitten. Bepaalde variaties in HLA-genen dragen waarschijnlijk bij tot de ongepaste immuunreactie die zich richt op haarfollikels en die leidt tot alopecia areata. Genen van het immuunsysteem buiten het HLA-complex, zoals verschillende genen die betrokken zijn bij ontsteking, zijn ook in verband gebracht met alopecia areata.

Sommige van de genetische variaties die in verband worden gebracht met alopecia areata zijn geïdentificeerd bij mensen met andere auto-immuunziekten, wat suggereert dat deze groep ziekten enkele genetische risicofactoren kan delen. Mensen met alopecia areata hebben een verhoogd risico op het ontwikkelen van andere auto-immuunziekten, waaronder vitiligo, systemische lupus erythematosus, atopische dermatitis, allergische astma, en auto-immuun schildklierziekten (zoals Hashimoto thyroiditis en de ziekte van Graves). Ook mensen met deze auto-immuunziekten hebben een verhoogd risico op het ontwikkelen van alopecia areata.

In veel gevallen is het onbekend wat de oorzaak is van haaruitval bij mensen met alopecia areata. Het is mogelijk dat omgevingsfactoren, zoals emotionele stress, lichamelijk letsel of ziekte, een abnormale immuunrespons uitlokken bij mensen die risico lopen. Bij de meeste mensen met alopecia areata is er echter geen duidelijke verklaring voor het optreden van haaruitval

.