Brave Frontier’s gameplay is vergelijkbaar met Square Enix’s Valkyrie Profile. De verhaallijn draait om de naamloze summoner en spelers moeten elk level voltooien om toegang te krijgen tot een nieuw gebied. Spelers mogen in elk level maximaal 5 eenheden meenemen met een “friend” unit in quest mode. Spelers maken vrienden via een vriendenverzoek. Het aanvallen van eenheden in een gevecht beloont de speler met Brave Burst Crystals, en Heart Crystals. Nadat een vijand is verslagen, gaat de speler door naar het volgende level tot aan de eindbaas, die nodig is om een level te voltooien. Na het voltooien worden spelers beloond met Zel, Karma en voorwerpen, en krijgen ze eenheden van elke missie. Als spelers het hele gebied voltooien, worden ze beloond met één edelsteen. Als spelers echter falen in een quest, gebruiken ze één edelsteen om verder te gaan. Eenheden hebben de mogelijkheid om speciale aanvallen uit te voeren, bekend als Brave Bursts. Wanneer deze geactiveerd worden, gebruikt de eenheid een krachtige aanval. Brave Bursts kunnen ook zorgen voor een boost in gezondheidspunten of de algemene stats verhogen om een voordeel te krijgen tegen vijanden. Super Brave Bursts kunnen ook worden uitgevoerd, maar alleen als een eenheid een 6 sterren rang heeft en hun Brave Burst meter maximaal heeft opgebruikt. Een andere versie, genaamd Ultimate Brave Bursts kan worden gebruikt door 7-Star en Omni Evolution Eenheden na het vullen van de Overdrive meter. De Omni Evolution Units kunnen hun vaardigheden aanpassen, evenals aanvullingen op de effecten van hun Brave Burst, Super Brave Burst en Ultimate Brave Bursts door middel van Enhancements van het samensmelten van andere eenheden met de Omni Evolution Units. Omni Evolution Units kunnen ook Resonances doen, waarvoor twee van hetzelfde element van Omni Evolution units met elkaar moeten vonken.

Naast quests, kan de speler ook units samensmelten met degenen die in elke missie zijn verkregen om ze te levelen. Zodra een eenheid in zijn maximum level is, is het nu in staat om te evolueren. De vereisten om in aanmerking komende eenheden te evolueren zijn verschillend. Elke eenheid heeft ook zijn eigen rangorde, waarbij de Omni Evolution het hoogst is. Spelers kunnen meer eenheden verkrijgen door Honor Summons en Rare Summons, deze vereisen dat spelers edelstenen en Honor Points gebruiken om eenheden op te roepen. Spelers kunnen eenheden verkopen voor zel of ze uitrusten met Spheres en Gems via microtransacties. Items kunnen ook worden gesynthetiseerd in nuttige items, zoals potions, tonics, en revives. Spheres worden op dezelfde manier gemaakt, om de algemene stats van een eenheid te verhogen. De stad biedt veel voorwerpen die hiervoor worden gebruikt, sommige voorwerpen moeten worden verkregen via kerkers die door de speler zijn uitgespeeld. Een ander ding is dat de stad meer belangrijke items kan leveren als de speler elke vestiging upgrade met behulp van karma.

Brave Frontier heeft event quests beschikbaar binnen de Vortex Gate, waardoor spelers evolutionaire eenheden, Zel of promotie zeldzame eenheden kunnen verkrijgen die niet in Rare Summons te vinden zijn. Bepaalde kerkers, zoals Metal Parades, Jewel Parades, en Imp Parades vereisen sleutels om vrij te spelen voor een beperkte tijd. In-Game Events zijn in de Vortex Gate, en spelers worden beloond met een gratis eenheid als ze die voltooien. Spelers kunnen elkaar uitdagen in de arena en prijzen winnen voor het bereiken van een bepaalde rang. Het spel bevat ook Frontier Hunter trials, waarmee spelers hun Hunter Ranks kunnen verhogen, Raid Battles, een Slot Machine Feature, Mini games, Daily Missions en Grand Quest.