Net Primer

“Ik wou dat ik mijn primers had geanalyseerd voordat ik voor de derde keer bestelde. Nu controleer ik al mijn primers met NetPrimer voordat ik ze bestel” -Stacey McCann, Cancer Biology Program, Stanford University

NetPrimer combineert de nieuwste primeranalyse-algoritmen met een webgebaseerde interface die de gebruiker in staat stelt primers via het internet te analyseren. Alle primers worden geanalyseerd op primersmelttemperatuur met behulp van de nearest neighbor thermodynamische theorie om nauwkeurige Tm-voorspelling te garanderen. Primers worden geanalyseerd op alle secundaire primerstructuren, inclusief hairpins, self-dimers en cross-dimers in primerparen. Dit garandeert de beschikbaarheid van de primer voor de reactie en minimaliseert de vorming van primerdimers. Het programma vergemakkelijkt de kwantificering van primers door het molecuulgewicht en de optische activiteit van de primer te berekenen. Om de selectie van een optimale primer te vergemakkelijken, krijgt elke primer een rating op basis van de stabiliteit van zijn secundaire structuren. Voor afzonderlijke primers of primerparen kan een uitgebreid analyserapport worden afgedrukt.

Belangrijkste functies

• Primer smelttemperatuur (Tm): Voorspelt de smelttemperatuur van de primer met behulp van het nauwkeurige thermodynamische algoritme van de naaste buren.
• Primereigenschappen: Tm , molecuulgewicht, GC%, optische activiteit (beide in nmol/A260 & µg/A260), DG, 3′-eindstabiliteit, DH, DS, en 5′-eind DG.
• Secundaire structuren van de primer: Haarspelden, dimeren, kruisdimeren, palindromen, herhalingen en reeksen.
• Primerbeoordeling: Kwantitatieve voorspelling van de efficiëntie van een primer.
• Uitgebreid rapport: Drukt een volledige primeranalyse af voor een individuele primer of een primerpaar.
• Primerparen: Analyseert afzonderlijke primers of primerparen.
• Uitgebreide Help: Details over alle formules en referenties die in het primeranalysealgoritme worden gebruikt.

• Getuigenissen van klanten
• Citaten & Recensies