In augustus 1983 werd Lara, die behoorde tot het door hem en Luis Carlos Galán opgerichte Nieuwe Liberalisme, door president Belisario Betancur benoemd tot minister van Justitie, ter vervanging van Bernardo Gaitán Mahecha. Lara stelde samen met Galán in het openbaar de drugskartels aan de kaak, vooral in Medellín, waar het kartel werd geleid door Escobar. Toen Escobar in het Congres werd gekozen, stelde Lara hem aan de kaak, vanwege zijn banden met de drugskartels. Lara ontmaskerde Escobar en het kartel ook voor het beïnvloeden van politiek en sport door middel van corruptie. Dit leidde tot een valstrik van sommige politici, drugsdealers en journalisten die bedreigd werden door de explosieve groei van Lara in de regering en vooral in de strijd tegen de drugshandel. Jairo Ortega, Escobars bondgenoot in het Congres, overhandigde een cheque (waarvan uiteindelijk bleek dat hij vervalst was) aan de Kamer, zogenaamd getekend door de bekende drugshandelaar Evaristo Porras. Dit, samen met een opgenomen gesprek tussen Lara en Porras, deed velen twijfelen aan Lara’s legitimiteit. President Betancur wees de beschuldigingen echter van de hand en liet Lara in functie.
Nadat de vermeende band tussen Lara en de drugskartels in diskrediet was gebracht, begon de regering de schimmige zaakjes van het Medellín-kartel, met name Escobar, bloot te leggen. Escobar werd uit het Congres gezet en zijn visum voor de VS werd ingetrokken. De minister ging nog een stap verder en hervatte de aanklachten tegen Escobar en andere drugsbaronnen, zoals Carlos Lehder. Lara gaf ook opdracht tot de inbeslagname van honderden vliegtuigen en eigendommen die zouden zijn gebruikt voor de productie en distributie van illegale stoffen. Terwijl het Congres debatteerde over de goedkeuring van een uitleveringsverdrag met de Verenigde Staten, probeerden Escobar en zijn bondgenoten hun problemen op te lossen door Lara fysiek uit te schakelen.