De Burgeroorlog maakte een einde aan de plantage-economie en Sapelo werd de thuishaven van een grote Afro-Amerikaanse gemeenschap tijdens de Wederopbouw- en postbellum-perioden. De William Hillery Company, een samenwerkingsverband van vrijgelatenen, kocht al in 1871 land bij Raccoon Bluff. Na verloop van tijd kochten veel van de voormalige slaven land op Sapelo en stichtten permanente nederzettingen, waaronder Hog Hammock, Raccoon Bluff, Shell Hammock, Belle Marsh en Lumber Landing. De First African Baptist Church werd in 1866 georganiseerd in Hanging Bull en verhuisde uiteindelijk naar Raccoon Bluff, waar ook een zwarte school werd gevestigd. De zwarten van Sapelo hielden zich bezig met zelfvoorzieningslandbouw, houtkap en het oogsten van oesters in de monding van de Duplin River. Het grootste deel van Sapelo werd na de Burgeroorlog door afstammelingen van Spalding verkocht.

In 1912 consolideerde de automobielingenieur uit Detroit, Howard E. Coffin (1873-1937), de verschillende bezittingen op Sapelo en kocht het hele eiland, met uitzondering van de zwarte gemeenschappen, voor $150.000. Coffin bleef tweeëntwintig jaar lang eigenaar van Sapelo. In 1922-25 bouwde hij het herenhuis aan de zuidkant om tot een van de meest vorstelijke huizen aan de kust, een gebouw met tabby-stucwerk dat oorspronkelijk in 1810 door Spalding was gebouwd. Coffin hield zich bezig met grootschalige landbouw, houtzagerijen en het oogsten van zeevruchten. Hij legde ook wegen aan, boorde artesische putten en bracht andere verbeteringen aan op het eiland. Veel vooraanstaande bezoekers waren te gast bij de Coffins op Sapelo, waaronder twee presidenten, Calvin Coolidge (1928) en Herbert Hoover (1932), en de vliegenier Charles A. Lindbergh (1929). In deze periode vestigden Coffin en zijn jonge neef, Alfred W. Jones, het Cloister resort op het nabijgelegen Sea Island.

In 1934, als gevolg van financiële tegenslagen veroorzaakt door de Depressie, verkocht Coffin Sapelo aan de tabakserfgenaam Richard J. Reynolds, Jr. uit North Carolina. (1906-1964). Reynolds gebruikte het eiland dertig jaar lang als part-time woning. De belangrijkste bijdrage van Reynolds was zijn oprichting van de Sapelo Island Research Foundation en het verschaffen van de faciliteiten en andere steun voor het University of Georgia Marine Institute, dat in 1953 van start ging. De weduwe van Reynolds, Annemarie Schmidt Reynolds, verkocht Sapelo aan de staat Georgia in twee afzonderlijke transacties in 1969 en 1976. De latere verkoop resulteerde in de oprichting van Sapelo Island National Estuarine Research Reserve, een partnerschap tussen de staat en de federale overheid tussen het Georgia Department of Natural Resources en de National Oceanic and Atmospheric Administration.