Vondsten
Voordat de opgravingen begonnen, stak de heuvel 32 meter (105 voet) boven de vlakte uit. Hij bevatte een enorme opeenhoping van puin die was opgebouwd uit vele duidelijk te onderscheiden lagen. Schliemann en Dörpfeld identificeerden een opeenvolging van negen hoofdlagen, die negen perioden vertegenwoordigen waarin huizen werden gebouwd, bewoond en uiteindelijk vernietigd. Aan het einde van elke periode, wanneer een nederzetting werd verwoest (gewoonlijk door brand of aardbeving of beide), maakten de overlevenden, in plaats van het wrak tot op de grond toe te ontruimen, het slechts vlak en bouwden er vervolgens nieuwe huizen op.
De negen belangrijkste perioden van het oude Troje worden aangeduid met I tot en met IX, te beginnen met de oudste nederzetting, Troje I. In de perioden I tot en met VII was Troje een versterkte vesting die diende als hoofdstad van het Troje en als verblijfplaats van een koning, zijn familie, ambtenaren, adviseurs, gevolg, en slaven. Het grootste deel van de plaatselijke bevolking bestond echter uit boeren die in de nabijheid in niet-gefortificeerde dorpen woonden en in tijden van gevaar hun toevlucht zochten in de citadel. Troje I tot V komt ruwweg overeen met de Vroege Bronstijd (ca. 3000 tot 1900 v. Chr.). De citadel van Troje I was klein, niet meer dan 90 meter in diameter. Hij was omgeven door een massieve muur met poorten en flankerende torens en bevatte misschien 20 rechthoekige huizen. Troje II was twee keer zo groot en had hogere, schuine stenen muren die een acropolis beschermden waarop het paleis van de koning en andere vorstelijke residenties stonden, die gebouwd waren van baksteen in een megaron-plan. Deze stad eindigde door brand, en Schliemann identificeerde haar abusievelijk met het Troje van Homerus. In het puin van de “verbrande laag” werd een schat gevonden van gouden sieraden en ornamenten en gouden, zilveren, koperen, bronzen en keramische vaten die Schliemann de “schat van Priam” noemde. De verbranding van Troje II schijnt gevolgd te zijn door een economische teruggang; elk van de burchten van Troje III, IV en V was versterkt en iets groter dan zijn voorganger, maar de huizen binnen de muren waren veel kleiner en dichter opeengepakt dan in Troje II.
Troje VI en VII kunnen worden toegewezen aan de Midden- en Late Bronstijd (ca. 1900 tot 1100 v. Chr.). Troje kreeg in deze tijd nieuwe en krachtige kolonisten die gedomesticeerde paarden in het Egeïsche gebied introduceerden. Zij breidden de stad verder uit en bouwden een prachtig circuit van uitgesneden kalkstenen muren die aan de basis 4,5 meter dik waren, meer dan 5 meter hoog rezen en bakstenen wallen en wachttorens hadden. Binnen de citadel, die nu ongeveer 200 meter lang en 140 meter breed was, stonden grote huizen op opgaande concentrische terrassen. Troje VI werd iets na 1300 v. Chr. door een zware aardbeving verwoest. Dörpfeld had dit stadium geïdentificeerd als het Homerische Troje, maar de schijnbare verwoesting door een aardbeving stemt niet overeen met het realistische verslag van de inname van Troje in de Griekse traditie. Bovendien is de datering van de stad, zoals aangegeven door geïmporteerd Myceens aardewerk dat in het puin van de aardbeving werd gevonden, te vroeg voor de Trojaanse oorlog.
De overlevenden van de aardbeving herbouwden de stad snel, en luidden zo het kortstondige Troje VIIa in. De ruïnes werden met de grond gelijk gemaakt en overdekt door nieuwe gebouwen, die dicht op elkaar werden gezet en alle beschikbare ruimte binnen de vesting opvulden. Bijna elk huis was voorzien van een of meer enorme voorraadkruiken die diep in de grond waren verzonken, met alleen hun mond boven het niveau van de vloer. Troje VIIa heeft waarschijnlijk niet meer dan een generatie geduurd. De opeenhoping van huizen en de speciale maatregelen om voedselvoorraden op te slaan wijzen erop dat voorbereidingen waren getroffen om een belegering te weerstaan. De stad werd verwoest door een verwoestende brand, en resten van menselijke beenderen die in sommige huizen en straten werden gevonden versterken de indruk dat de stad door vijanden werd veroverd, geplunderd en verbrand. Op grond van het bewijsmateriaal van geïmporteerd Myceens aardewerk kan het einde van Troje VIIa worden gedateerd tussen 1260 en 1240 v. Chr. De Cincinnati expeditie onder leiding van Blegen concludeerde dat Troje VIIa zeer waarschijnlijk de hoofdstad was van koning Priam, zoals beschreven in de Ilias van Homerus, die werd verwoest door de Griekse legers van Agamemnon.
Het gedeeltelijk herbouwde Troje VIIb vertoont bewijzen van nieuwe kolonisten met een lager niveau van materiële cultuur, die rond 1100 v. Chr. geheel verdwenen. Gedurende de volgende vier eeuwen was de plaats vrijwel verlaten. Rond 700 v. Chr. begonnen Griekse kolonisten de Troad te bezetten. Troje werd opnieuw bezet en kreeg de gehelleniseerde naam Ilion; deze Griekse nederzetting staat bekend als Troje VIII. In 85 v. Chr. werd Ilion door de Romeinen geplunderd, maar in hetzelfde jaar werd het door de Romeinse generaal Sulla gedeeltelijk hersteld. Deze geromaniseerde stad, bekend als Troje IX, kreeg fraaie openbare gebouwen van keizer Augustus en zijn onmiddellijke opvolgers, die hun voorouders terugvoeren op de Trojaan Aeneas. Na de stichting van Constantinopel (324 ce), verdween Ilion in de vergetelheid.