Die Ursachen von Alopecia areata sind komplex und nicht gut verstanden. Wahrscheinlich liegt der Erkrankung eine Kombination von Faktoren zugrunde, darunter Veränderungen in vielen Genen, die für das Haar und die Haut sowie für das Immunsystem zuständig sind.

Alopecia areata gehört zu einer großen Gruppe von Erkrankungen des Immunsystems, die als Autoimmunerkrankungen eingestuft werden. Normalerweise schützt das Immunsystem den Körper vor fremden Eindringlingen wie Bakterien und Viren, indem es diese Eindringlinge erkennt, angreift und aus dem Körper entfernt. Bei Autoimmunerkrankungen kommt es zu Fehlfunktionen des Immunsystems, das stattdessen körpereigenes Gewebe angreift. Aus unklaren Gründen richtet sich das Immunsystem bei Alopecia areata gegen die Haarfollikel und stoppt das Haarwachstum. Allerdings werden die Follikel durch die Krankheit nicht dauerhaft geschädigt, weshalb die Haare später wieder nachwachsen können.

Viele der Gene, die mit Alopecia areata in Verbindung gebracht werden, sind an der Immunreaktion des Körpers beteiligt. Dazu gehören mehrere Gene, die zu einer Genfamilie gehören, die als humaner Leukozyten-Antigen-Komplex (HLA) bezeichnet wird. Der HLA-Komplex hilft dem Immunsystem, körpereigene Proteine von Proteinen zu unterscheiden, die von fremden Eindringlingen stammen. Jedes HLA-Gen weist viele verschiedene Variationen auf, so dass das Immunsystem jeder Person auf ein breites Spektrum von Fremdproteinen reagieren kann. Bestimmte Variationen der HLA-Gene tragen wahrscheinlich zu der unangemessenen Immunreaktion auf die Haarfollikel bei, die zu Alopecia areata führt. Gene des Immunsystems, die nicht zum HLA-Komplex gehören, wie z. B. verschiedene Gene, die an Entzündungen beteiligt sind, wurden ebenfalls mit Alopecia areata in Verbindung gebracht.

Einige der genetischen Variationen, die mit Alopecia areata in Verbindung gebracht werden, wurden auch bei Menschen mit anderen Autoimmunkrankheiten identifiziert, was darauf schließen lässt, dass diese Gruppe von Krankheiten einige genetische Risikofaktoren gemeinsam haben könnte. Menschen mit Alopecia areata haben ein erhöhtes Risiko, an anderen Autoimmunerkrankungen zu erkranken, darunter Vitiligo, systemischer Lupus erythematodes, atopische Dermatitis, allergisches Asthma und autoimmune Schilddrüsenerkrankungen (wie Hashimoto-Thyreoiditis und Morbus Basedow). Auch Menschen mit diesen Autoimmunerkrankungen haben ein erhöhtes Risiko, an Alopecia areata zu erkranken.

In vielen Fällen ist nicht bekannt, was den Haarausfall bei Menschen mit Alopecia areata auslöst. Es ist möglich, dass Umweltfaktoren wie emotionaler Stress, körperliche Verletzungen oder Krankheiten bei Risikopersonen eine abnorme Immunreaktion hervorrufen. Bei den meisten Betroffenen gibt es jedoch keine eindeutige Erklärung für den Beginn des Haarausfalls.