Das Spielprinzip von Brave Frontier ähnelt dem von Square Enix‘ Valkyrie Profile. Die Handlung konzentriert sich auf den namenlosen Beschwörer und die Spieler müssen jede Etappe abschließen, um ein neues Gebiet zu betreten. Die Spieler dürfen in jeder Phase bis zu 5 Einheiten mit einer „Freund“-Einheit in den Quest-Modus bringen. Die Spieler schließen Freundschaften durch Freundschaftsanfragen. Das Angreifen von Einheiten in einem Kampf belohnt den Spieler mit Brave Burst Crystals und Heart Crystals. Nachdem ein Feind besiegt wurde, geht der Spieler zur nächsten Stufe über, bis zum Endgegner, der für den Abschluss eines Levels erforderlich ist. Nach dem Abschluss werden die Spieler mit Zel, Karma und Gegenständen belohnt und erhalten Einheiten aus jeder Mission. Wenn der Spieler das gesamte Gebiet abschließt, wird er mit einem Edelstein belohnt. Scheitert der Spieler jedoch an einer Aufgabe, benötigt er einen Edelstein, um fortzufahren. Die Einheiten haben die Fähigkeit, spezielle Angriffe auszuführen, die als Brave Bursts bekannt sind. Wenn sie aktiviert werden, führt die Einheit einen mächtigen Angriff aus. Brave Bursts können auch die Lebenspunkte erhöhen oder die Gesamtwerte steigern, um sich einen Vorteil gegenüber den Feinden zu verschaffen. Super Brave Bursts können ebenfalls ausgeführt werden, allerdings nur, wenn eine Einheit einen 6-Sterne-Rang hat und ihre Brave Burst-Anzeige auf das Maximum gebracht hat. Eine andere Version, genannt Ultimative Brave Bursts, kann von 7-Sterne- und Omni-Evolution-Einheiten verwendet werden, nachdem die Overdrive-Anzeige gefüllt wurde. Die Omni-Evolution-Einheiten können ihre Fähigkeiten anpassen und die Effekte ihrer Brave Bursts, Super Brave Bursts und Ultimate Brave Bursts durch Verbesserungen, die sie durch das Verschmelzen anderer Einheiten mit den Omni-Evolution-Einheiten erhalten, noch verstärken. Omni-Evolution-Einheiten können auch Resonanzen erzeugen, wozu zwei Omni-Evolution-Einheiten des gleichen Elements miteinander funken müssen.

Abgesehen von Quests kann der Spieler auch Einheiten mit den in jeder Mission erhaltenen Einheiten verschmelzen, um sie aufzuleveln. Sobald eine Einheit ihre maximale Stufe erreicht hat, kann sie sich weiterentwickeln. Die Anforderungen für die Entwicklung von Einheiten sind unterschiedlich. Jede Einheit hat auch ihren eigenen Rang, wobei die Omni-Evolution die höchste ist. Die Spieler können weitere Einheiten durch Ehrenbeschwörungen und seltene Beschwörungen erhalten, für die sie Edelsteine und Ehrenpunkte verwenden müssen. Spieler können Einheiten für Zel verkaufen oder sie mit Sphären und Edelsteinen durch Mikrotransaktionen ausrüsten. Gegenstände können auch zu nützlichen Gegenständen wie Tränken, Stärkungsmitteln und Wiederbelebungsmitteln synthetisiert werden. Sphären werden auf die gleiche Weise hergestellt, um die Gesamtwerte einer Einheit zu erhöhen. Die Stadt bietet eine Vielzahl von Gegenständen, die für diese Zwecke verwendet werden, einige Gegenstände müssen durch Dungeons erlangt werden, die der Spieler durchquert. Eine andere Sache ist, dass die Stadt wichtigere Gegenstände zur Verfügung stellen kann, wenn der Spieler jede Einrichtung mit Karma aufwertet.

Brave Frontier hat Event-Quests innerhalb des Vortex-Tors, die es den Spielern ermöglichen, evolutionäre Einheiten, Zel oder seltene Einheiten zu erhalten, die nicht in Rare Summons zu finden sind. Bestimmte Dungeons, wie die Metallparade, die Juwelenparade und die Imp-Parade, erfordern Schlüssel, um sie für eine begrenzte Zeit zu öffnen. In-Game-Events finden im Vortex-Tor statt, und die Spieler werden mit einer kostenlosen Einheit belohnt, wenn sie diese absolvieren. Die Spieler können sich gegenseitig in der Arena herausfordern und Preise für das Erreichen eines bestimmten Ranges gewinnen. Das Spiel bietet außerdem Grenzjäger-Prüfungen, die es den Spielern ermöglichen, ihre Jäger-Ränge zu erhöhen, Schlachtzugskämpfe, ein Spielautomaten-Feature, Minispiele, tägliche Missionen und eine große Quest.