Der Bürgerkrieg beendete die Plantagenwirtschaft und Sapelo wurde zur Heimat einer großen afroamerikanischen Gemeinde während der Rekonstruktion und der Zeit nach dem Ersten Weltkrieg. Die William Hillery Company, eine Partnerschaft von Freigelassenen, kaufte bereits 1871 Land am Raccoon Bluff. Im Laufe der Zeit kauften viele der ehemaligen Sklaven Land auf Sapelo und gründeten dauerhafte Siedlungen, darunter Hog Hammock, Raccoon Bluff, Shell Hammock, Belle Marsh und Lumber Landing. Die erste afrikanische Baptistenkirche wurde 1866 in Hanging Bull gegründet und zog schließlich nach Raccoon Bluff um, wo sich auch eine Schule für Schwarze befand. Die Schwarzen auf Sapelo betrieben Subsistenzlandwirtschaft, Holzeinschlag und Austernernernte im Mündungsgebiet des Duplin River. Der größte Teil von Sapelo wurde nach dem Bürgerkrieg von den Nachfahren der Spaldings verkauft.

Im Jahr 1912 fasste der Detroiter Automobilingenieur Howard E. Coffin (1873-1937) die verschiedenen Besitztümer auf Sapelo zusammen und kaufte die gesamte Insel, mit Ausnahme der schwarzen Gemeinden, für 150.000 Dollar. Coffin besaß Sapelo zweiundzwanzig Jahre lang. In den Jahren 1922-25 baute er das Herrenhaus am Südende der Insel zu einem der prächtigsten Häuser an der Küste um. Es handelt sich dabei um ein ursprünglich 1810 von Spalding erbautes Gebäude aus Stuck. Coffin betrieb im großen Stil Landwirtschaft, Sägewerke und Fischfang. Er baute auch Straßen, ließ artesische Brunnen bohren und fügte der Insel weitere Verbesserungen hinzu. Viele bedeutende Besucher waren bei den Coffins auf Sapelo zu Gast, darunter zwei Präsidenten, Calvin Coolidge (1928) und Herbert Hoover (1932), und der Flieger Charles A. Lindbergh (1929). Während dieser Zeit gründeten Coffin und sein junger Cousin Alfred W. Jones das Cloister Resort auf der nahe gelegenen Sea Island.

Im Jahr 1934 verkaufte Coffin Sapelo aufgrund finanzieller Rückschläge durch die Depression an den Tabak-Erben Richard J. Reynolds, Jr. aus North Carolina. (1906-1964). Reynolds nutzte die Insel dreißig Jahre lang als Teilzeitwohnsitz. Der wichtigste Beitrag von Reynolds war die Gründung der Sapelo Island Research Foundation und die Bereitstellung von Einrichtungen und anderer Unterstützung für das 1953 gegründete University of Georgia Marine Institute. Reynolds‘ Witwe, Annemarie Schmidt Reynolds, verkaufte Sapelo in zwei getrennten Transaktionen 1969 und 1976 an den Staat Georgia. Der spätere Verkauf führte zur Gründung des Sapelo Island National Estuarine Research Reserve, einer staatlich-bundesstaatlichen Partnerschaft zwischen dem Georgia Department of Natural Resources und der National Oceanic and Atmospheric Administration.