Quellen finden: „Mark Rypien“ – Nachrichten – Zeitungen – Bücher – Wissenschaftler – JSTOR (Februar 2018) (Erfahren Sie, wie und wann Sie diese Vorlage entfernen können)
Rypien verbrachte seine ersten beiden Jahre als Profi auf der Verletztenliste der Redskins, zunächst mit einem kaputten Knie 1986, dann mit einem kaputten Rücken 1987. Er verfolgte von der Seitenlinie aus, wie die Redskins unter Trainer Joe Gibbs im Januar 1988 die Super Bowl XXII gewannen, hinter dem Quarterback-Veteranen Doug Williams.
Rypien wurde zum Second Stringer, nachdem Jay Schroeder, der seinen Job gegen Ende der Saison 1987 an Williams verloren hatte, zu den Los Angeles Raiders gehandelt wurde. In Woche 4 gegen die neu gegründeten Phoenix Cardinals erhielt Rypien seine erste Chance, für den verletzten Williams zu starten, und warf bei der 30:21-Niederlage für 303 Yards und zwei Touchdowns. Bei sechs Starts erzielte er eine Bilanz von 3:3 und bestritt insgesamt neun Spiele, darunter ein Vier-Touchdown-Spiel im Rückspiel gegen die Cardinals. In diesen Spielen warf er für 1.730 Yards und hatte am Ende drei Touchdowns mehr als Williams (18-15).
1989 wurde Rypien als Nachfolger des verletzten und alternden Williams zum Starter ernannt und entwickelte sich zu einem Star-Quarterback, der für 3.768 Yards und 22 Touchdowns warf und die Redskins zu einem 10-6-Ergebnis führte. Das Team verpasste die Playoffs, aber Rypien wurde als Verletzungsersatz für Joe Montana und Don Majkowski in die diesjährige Pro Bowl berufen (NFC-Coach John Robinson entschied sich, nur einen Verletzungsersatz für seinen vorgesehenen Starter und Quarterback Nr. 2 mitzubringen).
Rypien war vor allem für seine phänomenale Genauigkeit als Deep Passer bekannt.
Ein Running Gag unter den Sportjournalisten in Washington war, dass Rypien nur „Enten“ in einem Zehn-Yard-Fangspiel beim Aufwärmen werfen konnte, aber einen so schönen, genauen tiefen Ball warf, dass er aus 60 Yards Entfernung mit jemandem im Sitzen Fangen spielen konnte. Der ehemalige Cheftrainer Joe Gibbs sagte: „Rypiens Würfe von der Seitenlinie wackelten und sahen nicht besonders schön aus. Aber dieser Mann konnte wirklich tief werfen.“ In einem Artikel des Sport Magazins aus dem Jahr 1992 wurde er als einer der besten Deep Passers aller Zeiten bezeichnet.
1991 war Rypiens beste Saison; er warf für 3.564 Yards und 28 Touchdowns bei 11 Interceptions und führte die Redskins nach einer 14-2 Bilanz in der regulären Saison zum Super Bowl XXVI. Er wurde zum MVP (Most Valuable Player) des Spiels ernannt, da er für 292 Yards und 2 Touchdowns passte und sein Team zu einem 37:24-Sieg über die Buffalo Bills führte. Der aus Calgary, Alberta, Kanada stammende Rypien war der erste im Ausland geborene Spieler, dem diese Ehre zuteil wurde. Rypien wurde sowohl 1989 als auch 1991 in die Pro Bowl berufen.
Rypien war einer von mehreren Spielern, die vom Erfolg des Teams nach der Meisterschaftssaison profitierten. Die Redskins verpflichteten ihn zu Beginn der Saison 1992 für 3 Jahre und 9 Millionen Dollar. Das Team kämpfte jedoch mit dem Alter und Verletzungen und beendete die reguläre Saison mit einer Bilanz von 9:7, womit es nur knapp die Playoffs erreichte. Seine Passing Yards betrugen respektable 3.282 Yards, aber sein Passer Rating fiel von 97,9 im Jahr 1991 auf 71,7 im Jahr 1992 und seine Interceptions übertrafen seine Touchdowns mit 17:13. Obwohl eine dominante Mannschaftsleistung in den Playoffs den Sieg über die Minnesota Vikings in einem NFC-Wild-Card-Auswärtsspiel brachte, verloren die Redskins schließlich auf einem verregneten, schlammigen Feld in einem hart umkämpften Spiel gegen die San Francisco 49ers, und die Ära Rypien war im Wesentlichen vorbei. Unter dem neuen Cheftrainer Richie Petitbon erlebte Rypien 1993 sein bestes Trainingslager und die Erwartungen waren nach einem Monday Night-Sieg gegen den amtierenden Super Bowl Champion Dallas Cowboys hoch. In Woche 2 gegen die Arizona Cardinals verletzte sich Rypien jedoch am Knie, und das Team begann eine steile Talfahrt, die mit einem 4:12-Saisonende endete.
Als er gesund genug war, um zurückzukehren, übernahm Rypien einen Spotdienst und teilte sich die Zeit mit dem neu erworbenen Rich Gannon. Die Redskins verpflichteten 1994 Norv Turner als Cheftrainer. Rypien nahm an den Offseason-Trainings teil, aber das Team entließ ihn aus seinem Vertrag. Danach wurde er Ersatzmann und spielte 1994 bei den Cleveland Browns, 1995 und 1997 bei den St. Louis Rams und 1996 bei den Philadelphia Eagles. Sein letzter NFL-Touchdown-Pass kam als Ersatz für Eagles-Quarterback Ty Detmer, ein 8-Yard-Pass zu Irving Fryar fünf Sekunden vor Schluss bei einer 37:10-Niederlage gegen die Indianapolis Colts. Für die Saison 1998 unterschrieb er bei den Atlanta Falcons, kam aber nie in Atlanta an. Der Tod seines Sohnes an einem bösartigen Hirntumor in jenem August veranlasste Rypien, das Spiel zu verlassen.
Rypien kehrte 2001 mit den Colts zum Football zurück. Im August 2002 wurde Rypien von den Seattle Seahawks als Backup-Quarterback verpflichtet, spielte in zwei Preseason-Spielen und beendete 13 von 21 Pässen für 97 Yards, wurde aber im September vorzeitig entlassen. Sein letztes Spiel als Profi war am 10. Juni 2006; im Rahmen eines Werbeauftritts spielte Rypien ein Spiel für die Rochester Raiders in der Great Lakes Indoor Football League.
In 11 NFL-Saisons brachte Rypien 1.466 von 2.613 Pässen für 18.473 Yards und 115 Touchdowns an, bei 88 Interceptions. Er rannte 127 Mal für 166 Yards und 8 Touchdowns.