Die puerto-ricanische Regierung ist ähnlich aufgebaut wie die der Vereinigten Staaten, mit Exekutive, Legislative und Judikative. Die Insel hat einen Gouverneur und einen residierenden Kommissar, der einen nicht stimmberechtigten Sitz im Repräsentantenhaus der Vereinigten Staaten hat. Der Gouverneur, der Senat mit 28 Sitzen und das Repräsentantenhaus mit 54 Sitzen werden vom Volk für eine vierjährige Amtszeit gewählt. Die Mitglieder des Obersten Gerichtshofs und der unteren Gerichte werden vom Gouverneur mit Zustimmung des Senats ernannt.

Die vier großen politischen Parteien unterscheiden sich vor allem in der Frage, ob Puerto Rico seine Beziehungen zu den Vereinigten Staaten ändern sollte. Die Neue Progressive Partei, die die Verstaatlichung befürwortet, betont, dass die Insel bereits wirtschaftlich von den Vereinigten Staaten abhängig ist, und ist der Ansicht, dass die Verstaatlichung der Insel ihr eine Vertretung in Washington einbringen würde. Die Demokratische Volkspartei betont die wirtschaftlichen Anreize, die die Insel aufgrund ihres Commonwealth-Status genießt, darunter die Befreiung von Bundessteuern und Anreize für ausländische Investitionen. Die beiden anderen großen Parteien, die Puerto Rican Independence Party und die Puerto Rican Socialist Party, treten für die Unabhängigkeit des Inselstaates ein. Die beiden letztgenannten Parteien sind viel kleiner und weniger bedeutend.

Die puerto-ricanische Regierung ist stark in die Wirtschaft des Landes eingebunden. Fomento, die Wirtschaftsentwicklungsgesellschaft der Insel, stimuliert und lenkt das Wirtschaftswachstum. Seit den 1950er Jahren hat sich die Regierung in wirtschaftliche Angelegenheiten eingemischt, u.a. mit der Operation Bootstrap, einem Plan zur Mischung von einheimischen Arbeitskräften und ausländischen Investitionen durch die Förderung der Industrialisierung auf der Grundlage von Exporten, mit den Bemühungen von Fomento zur Förderung der Petrochemie und der Hochtechnologie-Industrie in den 1960er Jahren und mit hohen staatlichen Ausgaben für Sozialprogramme. Im Jahr 1994 schuf die Regierung das Außenhandelsamt, um ausländische Investitionen und Exporte zu fördern. Die Behörde war hauptsächlich damit beschäftigt, kleine Unternehmen zu unterstützen, die das Potenzial hatten, Waren auf ausländische Märkte zu exportieren. Puerto Rico war die erste Volkswirtschaft der Welt, die sich mit einem Programm industrialisierte, das sich vollständig auf den Export stützte, und Puerto Rico konzentriert seine Bemühungen weiterhin auf eine Wirtschaft für den Export und stärkt sein Image als idealer Standort für Tourismus und Wirtschaft.

Da es keine offizielle Vertretung in der US-Regierung gibt, zahlen puerto-ricanische Bürger auf der Insel keine Bundessteuern, obwohl sie die US-Staatsbürgerschaft besitzen. Die Zoll- und Verbrauchssteuern auf Ein- und Ausfuhren fließen in die Bundeskasse. Auf der Insel gibt es außerdem Sozialprogramme, die denen in den Vereinigten Staaten ähneln. Heute spielt die US-Regierung mehr denn je eine wichtige Rolle in der Wirtschaft Puerto Ricos, und zwar durch Steueranreize und -befreiungen, zollfreien Zugang sowie Lohn- und Infrastrukturanreize, die große US-Firmen und -Konzerne dazu bewegen, in die Wirtschaft der Insel zu investieren. Als US-Commonwealth kontrolliert Puerto Rico nur seine internen Angelegenheiten; die US-Bundesregierung kontrolliert alle zwischenstaatlichen und internationalen Handelsbeziehungen. Die Insel hat kein eigenes Militär, so dass das Militär, anders als in den meisten lateinamerikanischen Ländern, keine Kontrolle über die Wirtschaft ausübt. Die

Das Steuersystem der Insel ist unabhängig vom Steuersystem der USA, wobei der amerikanische Gesetzgeber über die Verwendung der Steuereinnahmen entscheidet.