Im August 1983 wurde Lara, der dem von ihm und Luis Carlos Galán gegründeten Neuen Liberalismus angehörte, von Präsident Belisario Betancur zum Justizminister ernannt und löste damit Bernardo Gaitán Mahecha ab. Gemeinsam mit Galán prangerte Lara öffentlich die Drogenkartelle an, insbesondere in Medellín, wo das Kartell von Escobar angeführt wurde. Als Escobar in den Kongress gewählt wurde, prangerte Lara ihn unter Hinweis auf seine Verbindungen zu den Drogenkartellen an. Lara warf Escobar und dem Kartell auch vor, durch Korruption Einfluss auf Politik und Sport zu nehmen. Dies löste eine Falle aus, die von einigen Politikern, Drogenhändlern und Journalisten gestellt wurde, die sich durch das explosive Wachstum von Lara in der Regierung und insbesondere im Kampf gegen den Drogenhandel bedroht fühlten. Jairo Ortega, Escobars Verbündeter im Kongress, überreichte der Kammer einen Scheck (der sich später als gefälscht herausstellte), der angeblich von dem bekannten Drogenhändler Evaristo Porras ausgestellt war. Dies und ein aufgezeichnetes Gespräch zwischen Lara und Porras veranlassten viele, Laras Legitimität in Frage zu stellen. Präsident Betancur wies die Vorwürfe jedoch zurück und behielt Lara im Amt.
Nachdem die angebliche Verbindung zwischen Lara und den Drogenkartellen in Misskredit geraten war, begann die Regierung, die dunklen Machenschaften des Medellín-Kartells, insbesondere von Escobar, aufzudecken. Escobar wurde aus dem Kongress ausgeschlossen und sein Visum für die USA aufgehoben. Der Minister ging noch einen Schritt weiter, indem er die Anklage gegen Escobar und andere Drogenbosse wie Carlos Lehder wieder aufnahm. Lara ordnete auch die Beschlagnahmung von Hunderten von Flugzeugen und Grundstücken an, die angeblich für die Herstellung und den Vertrieb illegaler Substanzen genutzt wurden. Während der Kongress über die Verabschiedung eines Auslieferungsabkommens mit den Vereinigten Staaten debattierte, versuchten Escobar und seine Verbündeten, ihre Probleme durch die physische Beseitigung Laras zu lösen.